21 мая в 16-30 в конф. зале ИЦиГ СО РАН состоится встреча со студентами ФИТ, ММФ, ФФ, которые заинтересованы в выполнении дипломных работ по биоинформатике.

Перед студентами выступит директор ИЦиГ СО РАН академик РАН Колчанов Н.А., который расскажет о перспективных направлениях исследований в области биоинформатики.

Будущие руководители дипломных работ расскажут о предлагаемых темах дипломных работ для студентов ФИТ, Матфака и Физфака.

Приглашаются все желающие.

Студенты могут специализироваться по следующим направлениям:

1. Разработка программно-информационных систем для исследований в области биоинформатики и системной биологии.

2. Онтологии, интеграция гетерогенных данных и разработка баз данных в области биоинформатики и системной биологии. Семантический Web.

3. Системы и методы извлечения знаний из текстов научных публикаций.

4. Разработка методов и программ анализа молекулярно-биологических данных, включая: анализ геномных последовательностей, 3D структур, биологических изображений, генных и ассоциативных сетей.

5. Моделирование молекулярно-генетических систем и процессов.

6. Высокопроизводительные вычисления в биоинформатике. Использование аппаратных ускорителей для решения задач биоинформатики.

7. Разработка пакетов программ для решения задач молекулярной механики и динамики. Поиск мишеней для лекарственных средств.

Примеры тем дипломных работ прошлых лет:

1. Программный комплекс для многомерного анализа микрочиповых данных – 4 дипломных работы (науч. рук. д.б.н. Ефимов В.М.)

2. Разработка программного комплекса «Эволюционный конструктор» - 4 дипломных работы (ФИТ, ММ) (науч. рук. к.б.н. Лашин С.А.)

3. Подсистема генерации web-сервисов для вычислительных модулей системы BioInfoWF (науч. рук. к.б.н. Афонников Д.А.)

4. Реализация алгоритмов анализа геномных последовательностей в стандарте NodeModel системы KNIME (науч. рук. Подколодный Н.Л.)

5. Разработка программно-информационного комплекса для реконструкции сети регуляции транскрипции (науч. рук. Подколодный Н.Л.)

6. Разработка алгоритма размещения генной сети на плоскости с учетом семантики данных (науч. рук. Подколодный Н.Л.)

7. Разработка алгоритмов анализа структурно-функциональной организации генных сетей (науч. рук. Подколодный Н.Л.)

8. Разработка программной среды для имитационного моделирования ДНК - чиповых экспериментов (науч. рук. Подколодный Н.Л.)

9. Разработка базы знаний о транскрипционных факторах и их экспрессии в клетках (науч. рук. Подколодный Н.Л.)

10. Разработка программной среды для исследования ткане-специфических механизмов регуляции транскрипции (науч. рук. Подколодный Н.Л.)

11. Разработка программного обеспечения для анализа изображений биологических объектов (науч. рук. Подколодный Н.Л.)

12. Алгоритмы предсказания конформационной подвижности биологических макромолекул (науч. рук., к.б.н. Иванисенко В.А.)

13. Разработка метода индексации множественных конформаций лигандов для задач виртуального скрининга (науч. рук. к.ф.-м.н. Фомин Э.С.)

14. Модификация метода связных ячеек с сортировкой взаимодействий для векторизованных расчетов в молекулярной динамике (науч. рук. к.ф.-м.н. Фомин Э.С.)

15. Исследование масштабируемости алгоритмов поиска соседей в молекулярной динамике (науч. рук. к.ф.-м.н. Фомин Э.С.)

16. Параллельная реализация программного комплекса молекулярного моделирования MOLKERN (науч. рук. к.ф.-м.н. Фомин Э.С.)

17. Пакет программных компонент для расчета энергии сольватации белков (науч. рук. к.ф.-м.н. Фомин Э.С.)

18. Разработка программных средств для извлечения знаний о молекулярно-генетических взаимодействиях из текстов научных публикаций (науч. рук., к.б.н. Иванисенко В.А.)

19. Разработка графовой базы данных и системы запросов к ней (науч. рук. Подколодный Н.Л.)

20. Веб-портал для базы данных по экспериментальным исследованиям в области геномики (науч. рук., к.б.н. Орлов Ю.Л.)

21. Компьютерный анализ сложности текста регуляторных геномных последовательностей (науч. рук., к.б.н. Орлов Ю.Л.)